Sepang a impresionat puternic când a intrat în calendarul Formulei 1 in 1999. Piloţii au îndrăgit imediat spaţiile mari, deschise şi succesiunea de viraje, în timp ce facilităţile nu aveau concurent. Cursa din 1999 a iscat una din cele mai mai controverse din istoria recentă a Formulei 1, când cele două Ferrari pilotate de Eddie Irvine şi Michael Schumacher au fost descalificate de pe primul şi al doilea loc pentru folosirea de panouri ilegale pentru îmbunătăţirea aerodinamicii- care au fost acceptate pe viitor. Următoarele două curse au fost dominate tot de Ferrari. În 2000, Schumacher sărbătorea titlul câştigat cu două săptămâni înainte la Suzuka, iar un an mai târziu, el şi Rubens Barichello au realizat o revenire extraordinară, după ce au pierdut aproape un minut schimbând pe pneuri de ploaie. Ralf Schumacher a pus capăt dominaţiei celor de la Ferrari în 2002, câştigând lejer după ce fratele Michael şi coechipierul Juan Pablo Montoya s-au ciocnit în primul viraj. Ambii au revenit şi au terminat pe podium, dar pentru problemele create, pilotul columbian a primit prima penalizare drive-through din istoria Formulei 1. Onorurile din 2003 le-au revenit celor de la McLaren, Kimmi Raikkonen câştigând pentru prima dată o cursă.